他のエディタ等がUTF-8を正しく判定しているのは、恐らく、htmlのメタ情報にあるcharsetプロパティを見ているからであり(実際に秀丸で書き換えて、もう一度開いてみると分かります)、「Repl-Ace on .NET」が判定を誤るのは、それを判定材料にしていないからです。
この部分に関しての対応は、現在のところ考慮しておりません。
なお、Repl-Ace on .NET の機能を使用して処理プランを作成する場合は、この件に関して考慮する必要はありません。
Repl-Ace on .NET のメイン画面にて「>」や「&aaaa;」を入力し、処理プランを保存した際は、XML内の当該箇所は上記のようにエスケープされているはずです。
XML編集ソフトの中には、このあたりの規制が緩いものもありますが、Repl-Ace on .NET では誤動作防止の為(それと、XMLの入出力には.NET Framework の機能そのものを使っている為)、このあたりを厳密にしています。
もし、Repl-Ace on .NET を使用して処理プランを保存しても、エンティティがエスケープされない場合は、何らかのバグが考えられますが、私が試してみたところでは、現象は確認されませんでした。